任何新技術的實施在開始的時候都會遇到很多障礙，連續流技術也是一樣。首先在設計反應的時候需要改變思維方式，需要注意到以前沒有注意到的事項例如反應速度，固體的產生。而且連續流技術對研究人員有更高的要求，要了解一些工程類知識，對反應的動力學和機理要有更加深刻的認識，還需要與化工技術人員密切合作，這樣才能有效利用連續流這個新的工具。
根據龍沙的一份報告，大約60%的反應能受益于連續流工藝。但是要得到好的結果，需要做很多的改變才能真切的獲得益處。例如，大約40%的反應有固體，有固體并不意味著就不能進行連續流實驗，這就需要實驗人員做很多的改變，包括反應試劑、反應溫度及加料方式等等。
很多反應在傳統的處理過程中存在很大的安全隱患或者小試工藝難于放大生產。化學家在設計這些路線時，往往需要極力避免這些不利因素，導致合成路線較長，或者使用很貴的替換試劑。而連續流為化學家提供了另外一種思路，可以避免這些不利因素，有效降低成本。
所謂過程強化，就是通過提升溫度、增加反應物濃度和壓力等來提升反應速度、降低反應時間，最終達到提高反應收率和選擇性等目的。這些技術通常只用于大化工，而使用微通道反應器之后，這項技術也能給傳統的精細化工和制藥行業帶來很多變化。微反應就是一項利用過程強化，提升反應速度以達到降低反應持液量，同時增加反應選擇性和收率的一項新技術。
對于傳統思維，在合成路線選擇的時候，危險的中間體或者產物在反應溫度下不穩定的情況往往都是極力避免的。而使用微通道反應器之后，我們就不需要有這樣的禁忌。
微通道反應器持液量少，與傳統反應釜相比，具有本質安全等特性。一些有危險中間體參與的反應，比如重氮甲烷，重氮化合物，疊氮化合物都可以直接在微通道反應器上使用。
利用連續操作模式的微通道反應器進行化學反應過程研究，在過去的十幾年中發展十分迅猛，尤其在能源、制藥、精細化學品、高能炸藥及化工中間體的合成反應過程中得到廣泛關注。
連續流微反應作為一項新興的技術，其除了在上述的各類化學反應中的應用外，還在光催化化學、生物催化反應、電化學反應、無機化學、精餾重結晶、流量監測等各方面得到了空前的發展。
連續流合成范圍及領域不斷擴展，不但包括傳統的反應類型及醫藥及精細化工行業，還延展到電化學、光化學、微波化學、納米材料以及功能材料等領域。
化工行業對流程可持續性的要求也越來越高，改善化學生產的一種有前途的方法是過程強化。過程強化意味著與依賴于現有概念的性能改進的常規過程開發相比，將為涉及的過程步驟和設備開發全新的概念。
采用模塊化生產和工廠概念的方法來強化流程，以實現兼顧可持續性和經濟效率的靈活，可擴展的生產。因此，一個核心要素是開發和使用類似容器的移動工廠基礎設施。另一個是依靠適合批量生產的制造技術，對模塊化的，可擴展的微反應器進行了改進，以用于工業生產。
微反應器實現并控制的苛刻工藝條件的有針對性使用，大大提高了加工機會。尤其是由于過程溫度的提高以及通過將批料轉換為連續過程而加快了反應速度，從而提高了過程本身的生產率。通過實現高質量的產品進行陰離子聚合，通過提高時空產量來實現大豆油的環氧化，通過使用較低價值的原料生產超臨界生物柴油。
通過過程強化進行優化的潛力在許多其他領域中也提供：
藥物合成
精細化學
使用不同的常規燃料和可再生燃料生產和處理含氫氣體，用于燃料電池，
光化學過程。
微反應器對不同類型化學反應的作用 | ||
反應類型 | 特征 | 主要作用 |
瞬時反應 | 反應特征時間<1s（混合與傳熱控制） | 強化混合與傳熱 |
快反應 | 反應特征時間10s-30min（主要受本征動力學控制） | 精確控制反應條件（停留時間和溫度） |
慢反應 | 反應特征時間>30min（本征動力學控制） | 熱量控制、安全（新的工藝窗口） |